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"Nessun paese può affrontare le sfide da solo"

In un'intervista sul progetto internazionale ELIXIR scopriamo come funziona il lavoro di ricerca a livello transfrontaliero.

Pubblicato il 03.09.2015

Nella ricerca è sempre più diffusa la partecipazione di team dislocati in tutto il mondo. L'accesso transfrontaliero ai documenti diventa quindi essenziale e richiede processi di autenticazione e autorizzazione funzionanti a livello internazionale.
Abbiamo parlato con Tommi Nyrönen di ELIXIR Finland (vedi riquadro) che ci ha spiegato quanto sia cruciale per la ricerca internazionale poter accedere ai file al di là dei confini nazionali.

Su cosa lavorano gli esperti di life science che usano l'infrastruttura ELIXIR?
Tommi Nyrönen:
In Finlandia, il nostro nodo, ospitato presso il CSC-IT Center for Science, collabora con organizzazioni locali che si occupano per esempio di studi a livello molecolare sul cancro, di diagnosi genetica di cani e cavalli e di ricerca di base per decodificare il genoma della betulla.

Quali sono le maggiori sfide che deve affrontare il progetto ELIXIR?
Una delle sfide è la quantità di dati prodotti da una tale ricerca, un'altra è l'expertise richiesta per un tale compito. I dati creati devono essere annotati e strutturati secondo standard internazionali e condivisi con altri paesi.

Esistono delle malattie rare causate da variazioni genetiche che devono essere inserite in un insieme più ampio di dati di riferimento per poter essere diagnosticate correttamente.

Cosa c'è di speciale nel lavorare in un progetto pan-europeo?
Sono sfide che un paese non può affrontare da solo. L'ecosistema della life science è globale. L'applicazione della genetica in campo sanitario si diffonde a grande velocità man mano che il pubblico inizia a capirne le potenzialità attraverso esempi del mondo reale. Esistono delle malattie rare causate da variazioni genetiche che devono essere inserite in un insieme più ampio di dati di riferimento per poter essere diagnosticate correttamente. I medici hanno bisogno di una diagnosi sulle radici delle patologie per ottimizzare le terapie alla luce dei dati a livello molecolare. Questa è una vera sfida. Come rendere accessibili online i dati disponibili per la ricerca in modo tale da creare dei servizi capaci di fornire informazioni alle persone giuste e nel momento giusto? Una volta creato un servizio basato sui dati, come gestire l'intera infrastruttura in modo che gli utenti cruciali, per esempio gli operatori sanitari, possano usarli come base per il loro lavoro? Questo tipo di sfide sottolinea cosa devono saper fare i nodi ELIXIR come CSC in collaborazione con l'e-Infrastructure europea.

Come collaborate con GÉANT presso il CSC-IT Center for Science per superare queste sfide?
I dati della ricerca devono poter circolare senza intralci attraverso il continente. I soli dati di riferimento sulle variazioni genetiche umane consistono in centinaia di terabyte. I dati creati e pubblicati devono essere condivisi e re-incanalati in modo efficiente nella ricerca. ELIXIR fornisce anche set di dati che descrivono altri animali, insetti, piante, batteri, virus e altre forme di vita presenti sul pianeta. I volumi raddoppiano ogni anno. È qui che GÉANT e altri fornitori di reti nazionali di ricerca e istruzione svolgono un ruolo cruciale per l'infrastruttura. L'obiettivo è di portare online l'elaborazione di dati biologici nel luogo e nel momento in cui i ricercatori ne hanno bisogno. In questo modo riusciamo alla fine a creare delle applicazioni biotecnologiche. Semplificare il reperimento dei dati della ricerca archiviati nei centri dati ELIXIR genera dei risparmi perché riduce i doppioni nella ricerca di base.

L'obiettivo è di portare online l'elaborazione di dati biologici nel luogo e nel momento in cui i ricercatori ne hanno bisogno.

Quale ruolo svolge eduGAIN negli sforzi profusi da ELIXIR a sostegno dei life scientist?
Gran parte dei dati prodotti dalla ricerca pubblica sono condivisi su Internet. In molti casi, però i dati devono essere protetti, almeno per un certo periodo, per motivi etici, legali, sociali o aziendali. In questi casi i fornitori di servizi dati che ospitano, distribuiscono e condividono questi dati devono creare un meccanismo di controllo degli accessi. Nel caso di ELIXIR, l'intenzione è di ricorrere agli organismi che hanno l'autorità di concedere l'accesso, per esempio, tramite l'accettazione delle condizioni di utilizzo. Di solito sono gli autori dei dati originali, per esempio i leader di programmi quadro di ricerca dell'UE o coorte di biobanche. Poiché eduGAIN è un possibile candidato per la fornitura di un singolo sign-on per i servizi della comunità biomedica che richiedono un login, abbiamo deciso di avvalerci di questa rete europea già esistente e affidabile per identificare elettronicamente i ricercatori che desiderano dei set di dati ad accesso controllato per il loro lavoro. Una volta ottenuto il livello auspicato di sicurezza sull'identità, i comitati di accesso ai dati possono evadere le richieste in base alle regole applicate ai dati protetti, utilizzando i tool forniti da ELIXIR.

Secondo lei, quale ruolo dovrebbe svolgere in futuro eduGAIN per la ricerca?
A mio parere, eduGAIN e GÉANT - attraverso i loro servizi di abilitazione degli utenti - hanno fornito un importante contributo ai progressi compiuti nell'affrontare le sfide legate all'infrastruttura di dati per le life science. Soprattutto per i dati aperti ma sensibili dobbiamo offrire un livello di sicurezza tale da garantire che gli utenti aventi accesso ai dati siano ricercatori riconosciuti. Le comunità scientifiche non partono dalle stesse premesse nell'implementazione delle tecnologie di gestione federata delle identità. La proattività dei fornitori di eduGAIN nel capire le esigenze della comunità life science è molto auspicabile, e viceversa: la comunità life science deve capire cosa può aspettarsi da eduGAIN.

Questo articolo si basa su un'intervista di Paul Maurice a Tommi Nyrönen, apparsa nel numero di maggio 2014 di CONNECT. SWITCH l'ha leggermente adattata con il consenso di Nyrönen. La rivista CONNECT è pubblicata dalla rete di ricerca europea GÉANT.
Questo testo è apparso nello SWITCH Journal ottobre 2015.

Tommi Nyrönen@ELIXIR

Tommi Nyrönen è responsabile del nodo finlandese di ELIXIR, un progetto infrastrutturale per la ricerca in campo life science, a cui collaborano laboratori di 17 paesi partecipanti e il Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL). ELIXIR fornisce servizi destinati a facilitare la gestione degli immensi volumi di dati generati dalla ricerca life science. Nyrönen lavora al CSC, centro informatico finlandese per la scienza.

eduGAIN

eduGAIN è un'infrastruttura interfederata che connette oltre 20 infrastrutture AAI nazionali di tutto il mondo. La Federazione SWITCHaai è stata una delle prime ad aderire a eduGAIN. L'appartenenza a eduGAIN consente agli utenti dell'AAI svizzera di accedere ai dati e ai servizi di altre federazioni nazionali AAI. Allo stesso tempo i servizi dell'AAI svizzera offrono ai membri delle università e ai ricercatori un accesso sicuro e affidabile tramite eduGAIN anche in altri paesi. eduGAIN facilita la collaborazione transfrontaliera, che può essere molto utile nei progetti di ricerca internazionali.

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